化学方法通常有酸洗法和碱洗法。

1.酸洗法：可用盐酸、磷酸、铬酸及氢氟酸，但不能用硫酸。因为硫酸与水接触时，在水垢表面生成硫酸钙硬膜，使膜下的水垢不易接触到酸液。磷酸和铬酸虽然比盐酸有效，但由于价格太贵，所以一般都用盐酸。盐酸只能清洗碳酸盐水垢，酸洗时生成的氯化镁和氯化钙溶解度很大，容易除去，并伴有二氧化碳产生，有搅拌盐酸液的作用。对于纯硅酸盐水垢，可使用氢氟酸清洗。硫酸盐和硅酸盐为主的混合水垢，也可使用盐酸清洗。酸洗的作用在于用酸溶液溶解水垢与金属壁间的氧化铁层，使酸接触到金属，从而产生氢气泡使水垢脱落。它与盐酸盐垢的盐酸清洗道理不同。酸洗前，必须首先根据结垢程度，精确的计算出盐酸用量。

2.碱洗法：主要是清除硫酸盐和硅酸盐水垢，还可以清除硫酸盐和硅酸盐的混合水垢。不能清除碳酸盐水垢。用碱洗法不是使水垢溶解除去，而是使水垢软化，再用机械的方法清除。所用的药剂有碳酸钠和氢氧化钠两种。

化学方法操作起来复杂，成本高、难度大。一般应用于锅炉等设备的除垢，而不太适应太阳能热水器。