但是一体化工艺生物组成更复杂，NOB在系统中不容易淘汰或，工艺对p水温更为敏感，系统的控制难度更大，出现问题后要很长时间才能恢复。两段式工艺亚硝化和厌氧氨氧化反应容易实现优化控制，亚硝化反应器中的异养微生物能够降解污水中的有机物及其他有毒有害物质，降低对厌氧氨氧化反应的不利影响，因此系统运行崩溃后容易恢复。但是亚硝化段中亚硝酸盐累积易产生FN：，且由于要将亚硝化速率和厌氧氨氧化速率进行匹配，所以系统的设计较为复杂。响因素3.1温度生物硝化反应在5～4℃均可进行，但15℃为分界点。温度高于15℃时，：OB的生长速度高于NOB，：OB的泥龄小于NOB的泥龄，并且随着温度的升高，二者的差值将增加，所以高温有利于：OB的生长。在25℃以上控制泥龄，可以有效地选择NOB。目前的工程实例通常将亚硝化过程的温度控制在3～35℃。多数研究认为，：：OB的理想温度条件为3～4℃，但是自然条件下在温度较低时也可以进行稳定的厌氧氨氧化反应，RYSG：：RD等指出在-1.3℃时，北极海底沉积物中的：：OB菌仍具有活性。
