一般在巴氏菌乳的生产过程中，冷却、离心净乳和巴氏杀菌是必须的阶段。巴氏杀菌的目的首先是杀死引起人类疾病的所有微生物，经巴氏杀菌的产品必须完全没有致病微生物。从杀死微生物的观点来看，牛乳的热处理强度越强越好。但是，强烈的热处理对牛乳外观、味道和营养价值会产生不良后果。如牛乳中的蛋白质在高温下将变性；强烈的加热使牛乳味道改变，首先是出现“蒸煮味”，然后是焦味。因此，时间和温度组合的选择必须考虑到微生物和产品质量两方面，以达到最佳效果。
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