1．分子蒸馏器即在刮板蒸发器的基础上在内部安置一个冷凝器。当进料混合物受热后某轻物质分子运动至一定距离时碰到冷凝器即被凝结成液体分离出来，重物质而沿器壁流下。由于轻物质汽相在内部即被冷凝，使得真空压降很小可保持设备内较高真空度。
2． 分子蒸馏器的操作温度远低于物料的沸点： 由分子蒸馏原理得知，混合物的分离是由于不同种类的分子逸出液面的平均自由程不同的性质来实现的，并不需要沸腾，所以短程蒸馏是在远低于沸点的温度下进行操作的。这点与常规蒸馏有本质的区别。
3． 短程蒸馏受热时间短： 由分子蒸馏原理知，受加热的液面与冷凝面间的距离要求比轻分子的平均自由程短，由液面逸出的轻分子，几乎未经碰撞就到达冷凝面，所以受热时间很短。另外，混合液体呈薄膜状，使液面与加热面的面积几乎相等，这样物料在短程蒸馏中受热时间就变得更短。对其他蒸馏而言，受热时间一般较长（30分钟以上），而短程蒸馏仅为十几秒。
